För att ta reda på vilken mögelart man har att göra med görs en mögelanalys. Det finns flera metoder för att göra analyser, främst analyseras luft- eller materialprover. Vid prover av luften görs en sporhaltsmätning. Det finns alltid mögelsporer i luften, det man undersöker vid en luftmätning är om halterna i inomhusluften är förhöjda i förhållande till utomhusluften. Är halterna högre inomhus kan det innebära att ett mögelangrepp finns. En luftanalys är dyr att genomföra men fördelen är att det kan visa om luften innehåller kemiska substanser, exempelvis pentaklorfenol.

Vid en materialanalys kan man verifiera om det finns en lokal skada. Man undersöker om ett byggnadsmaterial har angripits och i så fall i vilken utsträckning samt vilken typ av mögel det rör sig om. Materialanalyser ger mer information om skadans typ och omfattning än luftprovsmätningar.

Man kan även samla material för mögelanalys genom ett nedfallsprov. Då ställer man behållare med ett mögelsubstrat både inomhus och utomhus. Sedan jämförs innehållet i de partiklar som fallit ner i behållaren på ett labb.

Det finns även gör-det-själv test för hemmabruk. Testet liknar ett graviditetstest där man för en provsticka över någon av hemmets ytor. Testet spårar proteiner i provet och visar likt ett graviditetstest om utslaget är positivt eller negativt. Hela provet tar ca 5 minuter att genomföra och är den snabbaste metoden för mögelanalys.